Program unggulan Ma'had Az-Zahra meliputi: - Tahfizh Al-Qur'an: target utama mencetak hafidz/hafidzah 30 juz yang mutqin, melalui kegiatan tilawah, mudarrasah, majlisan, tahsin, dan tes sambung ayat - Tafsir Al-Qur'an: pemahaman isi Al-Qur'an dari sisi bahasa, konteks, dan aplikasi kehidupan, termasuk integrasi tafsir dengan ilmu pengetahuan - Diniyah dan Kitab Kuning (Turats): Aqidah Ahlus Sunnah wal Jama'ah, Fikih, Tarikh, dan Bahasa Arab, diajarkan dengan metode Manhaji yang praktis dan aplikatif - Pendidikan umum: Matematika, IPA, TIK, Bahasa Indonesia dan Inggris, PKn, IPS, serta Budaya Melayu Riau - Pembentukan karakter Qur'ani: sholat berjamaah, qiyamul lail, muhasabah diri, dan majelis sholawat - Kemandirian dan life skill: menjahit, kewirausahaan, dan public speaking - Ekstrakurikuler: Pramuka, Hadroh, dan Tilawah
