Metode pengajaran kitab kuning di Ma'had Az-Zahra dimulai dari Nahwu-Shorof dengan metode Manhaji - pendekatan praktis-aplikatif yang memadukan gaya pondok Salaf-Modern dengan gaya pembelajaran ala Timur Tengah, dan telah dipakai di berbagai sekolah dan majelis taklim favorit di Indonesia. Contoh-contoh kaidah bahasa langsung diambil dari Al-Qur'an dan kitab kuning, sehingga santri dapat langsung mempraktikkan teori pada bacaan Al-Qur'an dan terjemah kitab. Kurikulum pesantren diselaraskan dengan jam pelajaran Kurikulum Kemenag, sehingga nilai agama, fikih, dan adab terintegrasi ke dalam mata pelajaran umum - santri tidak belajar dalam sistem yang terpisah antara pendidikan formal dan pendidikan pesantren.
