Struktur organisasi Yayasan Pendidikan Hajjah Rohana terdiri atas tiga organ sesuai ketentuan perundang-undangan yayasan di Indonesia: Pembina, Pengawas, dan Pengurus.
Pembina
- Ketua Pembina: Prof. Dr. Ustadz H. Abdul Somad Batubara, Lc., D.E.S.A., Ph.D
- Anggota Pembina: Ustadzah Hj. Fatimah Az-Zahra Salim Baraboud, S.Pd.
Pengawas
Pengurus
- Ketua: Jamaluddin
- Sekretaris: Saputra Hadi
- Bendahara: Netty Wardah